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1978年3月至1985年3月先后在南开大学哲学系、中国社科院研究生院马列系学习；

1985年3月至1988年2月任中国社科院马列所助理研究员，同时在职攻读法学专业博士研究生，其间赴英国牛津大学作访问研究。

1988年7月至1996年3月，先后任国家计委经济研究中心副司长、国家经济体制改革委员会综合规划和试点司司长、国家经济体制改革委员会宏观调控体制司司长。

1996年3月至1998年3月任国家经济体制改革委员会党组成员、秘书长。

1998年3月任国务院经济体制改革办公室党组成员。

1998年7月在贵州省九届人大三次会议上被任命为贵州省副省长。

2001年3月任中国人民银行副行长、国家外汇管理局局长。

2003年12月当选为中央汇金投资有限责任公司董事长。

2005年3月，郭树清当选为中国建设银行股份有限公司董事、董事长。

2011年10月—2013年3月，任中国证券监督管理委员会主席、党委书记。

2013年3月任山东省委副书记。