中国证券市场研究中心和中国证券交易系统有限公司先后在北京分别成立了STAQ 系统和NET 系统。不管是STAQ 还是NET，都以交易法人股为主，因此，它们一度也被称为“法人股流通市场”。邓小平南巡谈话以及“十四大”以后，产权交易市场进入发展的高潮时期。至1997 年1 月份，据不完全统计，当时全国就有100 多个地方场外股票交易市场。这给中国的金融系统安全带来了极大的隐患。1997 年11 月，中央金融工作会议决定关闭非法股票交易市场。1998 年在整顿金融秩序、防范金融风险的要求下，《国务院办公厅转发证监会关于清理整顿场外非法股票交易方案的通知》，将非上市公司股票、股权证交易视为“场外非法股票交易”，予以明令禁止，随后STAQ、NET 系统也相继关闭。

2000年是中国产权交易市场出现转机的一年，许多地方恢复、规范、重建了产权交易所，很多地方政府重新肯定“非上市股份有限公司股权登记托管业务”；实质上具有产权交易性质并更具有创新能力的技术产权交易市场在各地蓬勃兴起，这些交易机构全部都是由当地政府部门牵头发起设立的，如上海、北京、深圳、成都、西安、重庆，很多地方的产权交易所出现了联合、整合的趋势。

中国证券业协会为解决原STAQ、NET 系统挂牌公司的股份流通问题，开展了代办股份转让系统，指证券公司以其自有或租用的业务设施，为非上市公司提供的股份转让服务业务，代办股份转让系统规模很小，股票来源基本是原NET 和STAQ 系统挂牌的不具备上市条件的公司和从沪深股市退市的公司。

为了解决主板退市问题（包括水仙、粤金曼和中浩等）以及原STAQ、NET系统内存在有法人股历史遗留问题（首批挂牌交易的公司包括大自然、长白、清远建北、海国实、京中兴和华凯），“代办股份转让系统”正式成立，后被称为“老三板”。

由于“老三板”挂牌的股票品种少，且多数质量较低，再次转到主板上市难度也很大，长期被冷落。为了改变我国资本市场柜台交易落后局面，同时为更多高科技成长型企业提供股份流动的机会，2006年初北京中关村科技园区建立新的股份转让系统，因与“老三板”标的明显不同，被形象称为“新三板”。新三板与老三板最大的不同是配对成交，现在设置30%幅度，超过此幅度要公开 买卖双方信息。

目前的“新三板”市场格局是在2009 年7 月《证券公司代办股份转让系统中关村科技园区非上市股份有限公司报价转让试点办法》正式实施后形成的。

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