肖时庆给公司确定了先增资扩股到20亿，然后进行改制和上市的方案。2003年9月东方证券增资扩股完成并改制更名，公司的注册资本金达到21.4亿元，同时更名为东方证券股份有限公司。
此时的东方证券从一个业务品种单一的证券公司，发展到具有完整业务体系的综合类券商，主要业务指标排名进入业内前20名，公司的市场地位得到显著提升。
东方证券主发起设立的汇添富基金(原名盈达基金)2003年获准正式筹建，2005年2月正式成立。
2004年，监管机构对券商进行全行业的治理整顿，当年12月1日，东方证券继中金公司、中信证券、光大证券第一批创新试点证券公司之后，进入第二批创新试点名单。此时肖时庆虽已离开东方证券，但东方能在监管层心目中得到“好孩子”的印象，肖时庆的功劳不可抹煞。
但肖时庆与东方证券始终格格不入。接近肖时庆的人说，“每次一开会，下面一圈人就用上海话唧唧唧、唧唧唧，肖时庆一句也听不懂，气得要命。”
肖时庆和东方的不能融合、被排斥与自身有很大关系。上任之后肖时庆大刀砍向人事系统，在各个重要岗位均更换自己的人。但是，据《21世纪经济报道》称：“在东方证券员工看来，老东方的大部分人士离开了核心岗位，只在经纪业务部和研究所留下了“残余部队”。而新引进的是肖的人，包括担任人力资源部的贺若先。
“2002年，部分员工到‘上面’反映情况，肖时庆陷入被动。事情在上海证券界引起不小的震动，上海市金融工委在内部会议上甚至为此点了名。
“资产管理部是东方证券改革中另一个存在争议的部门。肖时庆对资产管理部的运作一直较为关注，张立忠被肖时庆力荐成为资产管理部总经理，2004年初，由于业绩不佳，张立忠离开了东方，贺若先成为资产管理部新任总经理。”
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